WikiSysop: Created page with "'''NB:''' Dette er en ''foreløbig'' kursusplan; ændringer kan forekomme! ==Generel information== ===Undervisere / forelæsere=== * [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php?id=535 Henrik Nielsen] — Lektor, kursusansvarlig. * [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php?id=758 Bent Petersen] — Lektor, kursusansvarlig. * [http://www.cbs.dtu.dk/~raz/ Rasmus Wernersson] — Ekstern lektor, kursusansvarlig. * [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php..."

2024-03-15T11:49:55Z

Created page with "'''NB:''' Dette er en ''foreløbig'' kursusplan; ændringer kan forekomme! ==Generel information== ===Undervisere / forelæsere=== * [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php?id=535 Henrik Nielsen] — Lektor, kursusansvarlig. * [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php?id=758 Bent Petersen] — Lektor, kursusansvarlig. * [http://www.cbs.dtu.dk/~raz/ Rasmus Wernersson] — Ekstern lektor, kursusansvarlig. * [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php..."

New page

'''NB:''' Dette er en ''foreløbig'' kursusplan; ændringer kan forekomme!

==Generel information==

===Undervisere / forelæsere===

* [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php?id=535 Henrik Nielsen] — Lektor, kursusansvarlig.
* [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php?id=758 Bent Petersen] — Lektor, kursusansvarlig.
* [http://www.cbs.dtu.dk/~raz/ Rasmus Wernersson] — Ekstern lektor, kursusansvarlig.
* [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php?id=1082 Paolo Marcatili] — Adjunkt, gæstelærer. Emne: Proteinstruktur.
* Jens Emil Vang Petersen — PhD-studerende, Københavns Universitet, gæstelærer. Emne: Malariavacciner. 
* [http://www.cbs.dtu.dk/staff/show-staff.php?id=525 Anders Gorm Pedersen] — Professor, gæstelærer. Emne: Evolutionære træer.

===Assistenter ved øvelser===
* Monica Hannani — hjælpelærer.
* Malene Revsbech Christiansen — hjælpelærer.



===Indhold===
I dette kursus er der lagt en stor vægt på praktisk anvendelse af de bioinformatiske værktøjer. En typisk lektion vil blive indledt med en teoretisk gennemgang af dagens emne (incl. nogle mindre øvelser/gruppearbejde) på en lille times tid, og resten af tiden vil blive brugt til praktiske øvelser på computer.

Se i øvrigt [http://www.kurser.dtu.dk/courses/27611/default.aspx kursusbasen om 27611].

===Pensum===
Udleverede noter og øvelsesmateriale: Der en ikke en formel lærebog. Der vil løbende blive udleveret kompendiemateriale; typisk i form af PDF filer på hjemmesiden. Vær opmærksom på at alle øvelsesvejledninger er pensum — og det gælder også svarene til øvelserne, som bliver lagt på hjemmesiden efter hver øvelsesgang!

===Computere===
'''I skal SELV medbringe bærbare computere''' der kan kobles til DTU's trådløse netværk. Typen af computer / operativsystem er ikke vigtigt — Windows, Mac og Linux vil alle virke fint.

Til øvelserne i "PDB & PyMol" samt "Malariavaccine" '''skal I medbringe en mus'''. Musen skal have tre knapper, hvoraf den midterste skal være et scroll-hjul.

Software:
# En moderne Internet Browser (fx. [http://www.google.com/chrome Google Chrome], [http://www.mozilla.com/ FireFox], [http://www.opera.com/ Opera], Safari for Mac eller Internet Explorer / Edge for Windows). '''NB''': Du ''skal'' have FireFox på dit system, da det er den eneste browser, som både er cross-platform (fås til både Windows, Mac og Linux) og er i stand til at køre Java-applets, som vi skal bruge i en af øvelserne. Internet Explorer eller Edge (indbygget i Windows) og Safari (indbygget i Mac) kan have knas med visse bioinformatik-websites, og så er det vigtigt at kunne skifte til en alternativ browser, der virker.
# JAVA: JAVA er nødvendigt at køre nogle af de programmer, vi skal bruge undervejs, bl.a. jEdit (se nedenfor). Java kan hentes gratis her: http://www.java.com — hvis det ikke allerede er installeret på din computer.
# JEdit: I kurset vil vi flere gange bruge JEdit til at kigge på tekst-baserede sekvensfiler — du kan med fordel installere den før første kursus-gang (gratis program): http://www.jedit.org. Hvis man får uløselige problemer med at få jEdit til at køre, så er et godt alternativ [http://geany.org/ Geany].

Øvrig software installeres i løbet af øvelserne.

===Hvor og hvornår===
Kurset består af forelæsning + efterfølgende øvelser, begge dele tirsdag eftermiddag. Forelæsningerne afholdes fra 13:00-14:00 (cirka) i '''bygning 208, auditorium 51'''. Øvelserne afholdes efterfølgende i bygning 210, holdlokalerne 042+048 samt grupperummene 066+068+070+072.

Første undervisningsgang er '''tirsdag den 31. januar'''.

===Afleveringer===
Som træning til den computer-baserede eksamen, skal hver gruppe skrive en "logbog" med svar på de spørgsmål der stilles i øvelserne (man må gerne skrive på dansk selv om teksten i øvelserne er på engelsk). Efter øvelsen skal I uploade jeres svar til CampusNet ('''Kursus 27611 → Opgaver''').

Det er muligt at aflevere som en gruppe. Vi vil meget hellere have en gruppeaflevering end et antal identiske besvarelser. Men husk at skrive alle gruppemedlemmers navne i dokumentet.

I må selv bestemme hvilket program I bruger til at skrive logbogen — f.eks. Microsoft Word, [http://www.libreoffice.org/ LibreOffice] (gratis), [http://www.openoffice.org/ Apache OpenOffice] (gratis), Pages til Mac eller lignende. Det er en fordel hvis I kan indsætte screenshots til at dokumentere hvad I har lavet. Microsoft Word har et indbygget screenshot-værktøj. Til Windows-brugere anbefaler vi i øvrigt det gratis program [http://getgreenshot.org/ Greenshot] til at tage screenshots og lave mindre redigeringer i dem.

Men uanset hvad I bruger, '''skal resultatet afleveres som PDF'''. Både Mac og Windows 10 har indbyggede funktioner til at konvertere alle dokumenter, der kan printes, til PDF. Hvis man har en tidligere version af Windows, må man installere et separat program. Der findes flere gratis alternativer; vi anbefaler [http://www.primopdf.com/ PrimoPDF]. (Det kan godt være en god ide at installere PrimoPDF, selv om man bruger Windows 10, det giver nogle flere muligheder, og de resulterende filer fylder mindre).

Vær venlige ''ikke'' at kopiere opgaveteksten i besvarelsen. Opgaveafleveringen på CampusNet har et system til detektion af plagiering, som giver udslag hvis der står en kopi af opgaveteksten i besvarelsen.

NB: '''Afleveringerne har ikke nogen indflydelse på jeres karakter''' — de er ment som en øvelse i brug af det system vi også skal bruge til eksamen. De er desuden en måde for os til at kontrollere forståelsen af undervisningen: hvis der er en bestemt fejl, som rigtig mange har lavet, kan vi måske forklare det bedre til næste undervisningsgang.

===Eksamen===
Eksamen i 27611 er elektronisk — d.v.s. at I skal medbringe egen computer og at I ''ikke'' får udleveret opgavesættet på papir. Opgavesættet kommer til at ligge som en PDF-fil på CampusNet. Afleveringen foregår også på CampusNet, lige som opgaveafleveringerne i løbet af kurset. Der skal afleveres i PDF.

Eksamen er med alle hjælpemidler og åbent internet. I må gerne medbringe bøger, artikler o.lign. Desuden har I via internettet adgang til alle de materialer, vi har brugt under kurset. I må også gerne søge information på Google, Wikipedia o.s.v. — I må bare ikke kommunikere med andre via email, Facebook, chat el.lign.

Ligesom i opgaveafleveringerne må vi bede om at man ''ikke'' kopierer opgaveteksten i besvarelsen. På den måde undgår man at besvarelsen bliver automatisk markeret som plagiering.

Når man afleverer sin eksamensbesvarelse på CampusNet, får man en kode som skal afleveres på papir til eksamensvagten. '''Det er meget vigtigt at koden bliver afleveret korrekt, ellers kan besvarelsen ikke godkendes.''' Koden bliver ændret, hvis man uploader en ny version af sin besvarelse; den er således en kontrol af, at man ikke har ændret i sin besvarelse, efter at man har forladt eksamenslokalet.

== CampusNet ==
Link til CampusNet gruppe for dette års kursus: https://cn.inside.dtu.dk/cnnet/element/534869/frontpage

== Løbende evaluering og feedback ==
Vi modtager meget gerne kommentarer, forslag, kritik, ros mm. til undervisningen og undervisningsmaterialerne nårsomhelst. Du kan gøre dette enten pr. mail til lærerne eller ved at skrive en meddelelse på [https://cn.inside.dtu.dk/cnnet/element/534869/messages "Frit forum" i CampusNet]. Du kan også svare på andres indlæg. Hvis der er et indlæg, du er enig i, så skriv meget gerne kommentaren "Enig!", så vi ved at der er flere, der mener det samme.

Desuden planlægger vi at holde en midtvejsevaluering i løbet af semesteret, ligeledes i CampusNet.

== Lektionsplan ==

=== Tirsdag 31/1 — Introduktion og Taksonomidatabaser ===

:'''Forelæsninger:'''
:* ''Introduktion til kurset, bioinformatik og computere'' — Henrik Nielsen.
:* ''Evolution & Taksonomi'' — Rasmus Wernersson.
:'''Pensum:''' [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2011/PDF/Chapter2_Evolution.pdf Brief Introduction to Evolutionary Theory] — Skrevet/redigeret af Anders Gorm Pedersen.
:'''Slides:''' (Bliver lagt på CampusNet under "fildeling")
:'''Test af forhåndskundskaber:''' Gå til https://evaluering.dtu.dk/ , klik på "Test af forhåndskundskaber" under 27611 og udfyld skemaet (det er anonymt). Brug max. 10 minutter på det.
:'''Øvelser:'''
:# [[ExJEdit|JEdit]] - ([[ExJEdit-Answers|Svar til øvelsen]])
:# [[ExTaxonomy|Taksonomidatabaser]] - ([[ExTaxonomy-Answers|Svar til øvelsen]])

:'''AVANCERET EMNE (Ej pensum):'''
::[[File:Phone_34.gif‎]] [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2011/video/27611_Advanced_BinFiles.mp4 Tekstfiler på binært niveau] (Video forelæsning, ~20mb, mpeg4 — Indlæst af Rasmus Wernersson, 2010)

:'''Baggrundsmateriale:...
::"[[Media:ELS_bioinformatics.pdf|Hvad er Bioinformatik?]]" — oversigtsartikel (PDF).

=== Tirsdag 7/2 — GenBank ===

:'''Forelæsning:''' ''Biologisk information, DNA struktur og sekventering, søgning i Genbank'' — Rasmus Wernersson.
:'''Pensum:''' [[Media:DNA_SequencingTutorial.pdf|DNA sequencing tutorial]] — kilde: IDT Tech Vault
:'''Udleveret materiale:''' [[Media:HandoutEx_BaseCalling_Simple.pdf‎|"Base-calling" øvelse]] [PDF], [[Media:GenBank+fasta handout dk.pdf|GenBank + FASTA format]] [PDF]
:'''Slides:''' på CampusNet (under "fildeling")

:'''Øvelse:''' [[ExGenbank-new|Brug af GenBank databasen]] - ([[ExGenbank-new-answers|svar til øvelsen]])

:'''Baggrundsmateriale (forudsættes kendt):'''
::[[File:Phone_34.gif‎]] [http://www.youtube.com/watch?v=YgmoHtLGb5c mRNA splicing] (YouTube).
::[[Media:GeneStructure.pdf|Oversigt over eukaryot gen-struktur]] (PDF).

:'''Yderligere materiale (ej pensum):'''
::[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK44863/ Entrez Sequences Quick Start] (NCBI)
::[[Media:GenBank_2017.pdf|Den årlige GenBank artikel, 2017]] (PDF)

=== Tirsdag 14/2 — Translation og UniProt ===

:'''Forelæsninger:'''
:*''Proteiner: data og databaser'' — Henrik Nielsen.
:*''Bioinformatik i den virkelige verden'' — Bent Petersen.
:'''Pensum:''' [[Media:VirtualRibosome.pdf|Virtual Ribosome]] — software artikel (PDF).
:'''Slides:''' (bliver lagt på CampusNet)

:'''Øvelser:'''
:#[[Exercise: Translation - Virtual Ribosome]] ([[ExTranslation-answers|svar]])
:#[[Exercise: The protein database UniProt]] ([[ExUniProt-answers|svar]])

:'''Baggrundsmateriale (forudsættes kendt):'''
::[http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2011/PDF/protein_handout.pdf Protein, sekvens og strukturniveauer] [PDF]
::[[Media:GeneStructure.pdf|Oversigt over eukaryot gen-struktur]] (PDF).
::[[File:Phone_34.gif‎]] [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2011/video/AminosyrerOgProteiner_TNP2010.mov Aminosyrer og Proteiner] — Kort videoforelæsning (16 min) med en genopfriskning af de vigtigste facts ang. aminosyrer og proteiner (Indlæst af Thomas Nordahl Petersen, 2010).

:'''Yderligere materiale (ej pensum):'''
::[[Media:UniProt_2017.pdf|Den årlige UniProt artikel, 2017]] (PDF)
::*link til Next-Generation Sequencing kurset: [http://www.kurser.dtu.dk/27626.aspx?menulanguage=da Next-Generation-Sequencing Analysis]

=== Tirsdag 21/2 — Parvis Alignment ===

:'''Forelæsning:''' ''Parvis alignment'' — Henrik Nielsen.
:'''Pensum:''' Side 35-55 i Immunological Bioinformatics (PDF - på CampusNet: Fildeling → Uddrag af lærebog).
:'''Slides:''' (På CampusNet).

:'''Handout øvelse:''' [[Media:New_handout_alignscores.pdf|Alignment scores]]

:'''Øvelse:''' [[ExPairwiseAlignment|Parvis alignment]] — svar: [[ExPairwiseAlignment-Answers|Parvis alignment svar]]

:'''AVANCERET EMNE (Ej pensum):'''
::[[File:Phone_34.gif‎]] Video-klip: (Rasmus Wernersson, 2008): [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2011/video/PodCast_DynamiskProgrammering_1024x768.mp4 Detaljeret gennemgang af Dynamisk Programmering]. - Mac/Windows (QuickTime/Mpeg4).

:'''Ekstra materiale:'''
::[[File:Phone_34.gif‎]] '''Optaget forelæsning:''' (kan bruges om reminder ang. dagens pensum — er på engelsk) [http://breeze.cbs.dtu.dk/p31243548/ Pairwise alignments + BLAST], Anders Gorm Pedersen 2010
::login: <tt>viewer@cbs.dtu.dk</tt> - pass: <tt>jeglurer</tt>.
::Starter med parvis alignment (dækker også dynamisk programmering) — bruger samme handout øvelse som I selv arbejdede med til vores forelæsning.

=== Tirsdag 28/2 — Proteinstruktur, PDB & PyMOL ===

:'''Husk at medbringe en mus til øvelsen denne dag'''. Musen skal have tre knapper, hvoraf den midterste skal være et scroll-hjul.
:'''Forelæsning:''' ''Protein 3D structure'' — Paolo Marcatili (''NB: Forelæsningen vil foregå på engelsk'')
:'''Pensum:''' [http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_structure&oldid=107127668 Protein Structure (Wikipedia - frosset version)] - Link til "Live" version [http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structure her].
:'''Bonus-videoforelæsning:''' [[File:Phone_34.gif‎]] [http://breeze.cbs.dtu.dk/p91129536/ Online videoforelæsning] ('''2010'''), Paolo Marcatili
:'''Slides:''' På CampusNet
:'''Link til avanceret kursus:'''
::* [[Course27617|Kursus 27617 - Proteinstruktur: Modeller, analyser og beregninger]]

:'''Andre relevante kurser:'''

::* [http://www.kurser.dtu.dk/26422.aspx?menulanguage=da Kursus 26422 - Biomolekylær kemi]
::* [http://www.kurser.dtu.dk/26426.aspx?menulanguage=da Kursus 26426 - Introduktion til medicinalkemi]


:'''Øvelser:'''
# PyMol tutorial ([https://cn.inside.dtu.dk/cnnet/filesharing/download/d192a082-7586-4bcd-8ee3-1aa174355d21 PDF på CampusNet]) - øvelse #1 - grundig gennemgang af basal brug af PyMol. (Ingen svar til denne øvelse: ikke nødvendigt).
# [[ExPyMol|Visualisering af proteinstrukturer i PyMOL]] - øvelse #2 - PDB databasen + visualisering i PyMol - '''Svar''' til Exercise 2: [[Protein_Structure_and_Visualization_Answers|Svar]] (NB: afsnittet "PyMOL magic" er ''ikke'' pensum, blot et tip hvis I senere skal bruge PyMOL)


=== Tirsdag 7/3 — Databasesøgning med BLAST ===

:'''Forelæsning:''' ''Introduktion til BLAST'' — Rasmus Wernersson.
:'''Pensum:''' sektion 3.2.5 → 3.3 (dvs. side 47-52) i Immunological Bioinformatics (PDF - på CampusNet: Fildeling → Uddrag af lærebog).
:'''Slides:''' På CampusNet.
:'''Øvelse:''' [[Exercise: BLAST]] - '''Svar''' til øvelsen: [[ExBlast-Answers|Blast svar]]


:'''Ekstra materiale:'''
::[[File:Phone_34.gif‎]] '''Optaget forelæsning:''' (kan bruges om reminder ang. dagens pensum - er på engelsk) [http://breeze.cbs.dtu.dk/p31243548/ Pairwise alignments + BLAST], Anders Gorm Pedersen 2010
::login: <tt>viewer@cbs.dtu.dk</tt> - pass: <tt>jeglurer</tt>.
::BLAST delen starter ca. 1:05 inde i optagelsen.

::[[File:Phone_34.gif‎]] '''Videoer om BLAST fra NCBI:''' (Videointroduktion til NCBI's web interface og E-værdier/Expect Values) [http://www.youtube.com/playlist?list=PLH-TjWpFfWrtjzMCIvUe-YbrlIeFQlKMq NCBI's YouTube channel]

=== Tirsdag 14/3 — Malariavaccine ===

:'''Forelæsning:''' ''Malaria og vacciner (titlen kan blive ændret)'' — Jens Emil Vang Petersen.
:'''Slides:''' På CampusNet
:'''Baggrundsmateriale (bør læses før øvelsen):'''

:* [http://www.cdc.gov/dpdx/malaria/ Malaria — Causal Agents / Life Cycle]

:'''Øvelse:''' [[Opsamlende computerøvelse: Udvikling af malariavaccine]] ([[ExMalaria-answers|svar]])


------
<div align="center">
[[Image:Emblem-important_tiny.png‎]] '''Husk midtvejsevaluering:''' Gå til CampusNet -> Evaluering. [[Image:Emblem-important_tiny.png‎]]
</div>
------

=== Tirsdag 21/3 — Multiple Alignments ===
:'''Forelæsning:''' ''Multiple Alignments'' — Henrik Nielsen
:'''Pensum:''' RevTrans (artikel, [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2010/handouts/RevTrans.pdf PDF])
:'''Handout:''' Lokalisering af CDS navne i GenBank ([http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2010/handouts/MultiGeneScreenshot.pdf PDF])
:'''Slides:''' På CampusNet.

:'''Øvelse:''' [[Exercise: Multiple Alignments (English version)|Multiple Alignments]] — Svar : [[ExMulAlign-Answers-English|Multiple Alignment svar]]

:'''Ekstra materiale:'''
::[[File:Phone_34.gif‎]] '''Optaget forelæsning:''' [http://breeze.cbs.dtu.dk/p20292453/ Multiple Alignments], Anders Gorm Pedersen 2010
::login: <tt>viewer@cbs.dtu.dk</tt> - pass: <tt>jeglurer</tt>

=== Tirsdag 28/3 — Fylogenetiske træer ===

:'''Forelæsning:''' ''Fylogenetiske træer'' — Anders Gorm Pedersen.
:'''Pensum:''' "''Introduction to Treebuilding''" (PDF på Campusnet). [http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/phylogenetics_01 Evolutionary trees] (minus afsnittet "How to reconstruct an evolutionary tree"), [http://www.cbs.dtu.dk/courses/27615/pdf/understanding_evo_trees.pdf Understanding Evolutionary Trees].
:'''Udleveret materiale:''' handout øvelse [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2008/Ex09_Phylo/handout_distance.pdf Rekonstruktion af afstandstræ]
:'''Slides:''' På CampusNet.

:'''Link til avanceret kursus:'''
::* [http://www.kurser.dtu.dk/27615.aspx?menulanguage=da 27615 Molekylær evolution]

:'''Software til installering:''' [http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ FigTree tree-viewer]


:'''Øvelse:''' [[Exercise: Phylogeny]] — Svar : [[Exercise:_Phylogeny-Answers|Fylogenetiske træer]]

=== Tirsdag 4/4 — Sekvensinformation og LOGO-plots ===

:'''Forelæsning:''' ''Sekvensinformation og LOGO-plots'' — Rasmus Wernersson.
:'''Pensum:'''
:# Side 68-80 i Immunological Bioinformatics (PDF - på CampusNet: Fildeling → Uddrag af lærebog).
:# Side 1-8 af "''Information theory primer''" ([http://www.cbs.dtu.dk/courses/27040/teachingmaterials/informationtheory_primer.pdf PDF])
:#* (Læs evt. også appendix'et om logaritmer (særligt om Log<sub>2</sub>), hvis du har brug for at genopfriske din viden).
:'''Supplerende pensum:''' [[Media:Logo_handout_new.pdf|Konstruktion af Logo plots]]
:'''Handouts til forelæsning:'''
:* [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2010/exercises/ExWeightmat/Ex_Logo.pdf How to construct sequence logos] . [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2010/exercises/ExWeightmat/Ex_Logo_ans.pdf Answers]

:'''Slides:''' På CampusNet.

:'''Øvelse:''' [[ExSeqLogos|DNA and Peptide LOGOs]] - '''svar:''' [[ExSeqLogosAnswers|Answers to the LOGO plot exercise]]



=== Tirsdag 18/4 — Vægtmatricer og andre forudsigelsesmetoder ===

:'''Forelæsning:''' ''Introduktion til forudsigelsesmetoder og vægtmatricer'' — Henrik Nielsen
:'''Pensum:''' ''Samme som sidste uge''.
:'''Slides:''' På CampusNet.
:'''Handouts til forelæsning:'''
:*[http://www.cbs.dtu.dk/courses/27625.algo/presentations/PSSM/Estimationofpseudocounts.pdf How to estimate pseudo frequencies] [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2010/exercises/ExWeightmat/Estimationofpseudocounts_answer_2010.pdf Answers]

:'''Øvelse:''' [[Exercise: Construction of sequence logos and weight matrices]] — Svar: [[ExLogo+Matrix-answers|Answers to exercise]]

=== Tirsdag 25/4 — Profilsøgning med PSI-BLAST ===

:'''Forelæsning:''' ''PSI-BLAST'' — Rasmus Wernersson.
:'''Pensum:''' ''Samme som sidste uge''.
:'''Slides:''' På CampusNet.
:'''Handouts til forelæsning:''' [http://www.cbs.dtu.dk/dtucourse/27611spring2010/exercises/ExPsiBlast/Psi_blast_ex.pdf Alignment using sequence profiles]

:'''Øvelse:''' [[ExPSIBLAST|PSI-BLAST]] — Svar til øvelsen: [[ExPSIBLAST_answer|PSI-BLAST answers]]

=== Tirsdag 2/5 — Bioinformatik i praksis + Øvelse: Gammelt eksamenssæt ===

:'''Forelæsning:''' ''Bioinformatik i lægemiddelindustrien'' — Rasmus Wernersson , [http://intomics.com Intomics A/S]

:'''Gammelt eksamenssæt:'''
:* [[Media:27611-Sommereksamen2014-endelig.pdf|SOMMEREKSAMEN 2014]] — [[Media:27611-sommereksamen2014-svar2016.pdf|Opdaterede svar 2016 (PDF)]]

=== Spørgetime ===

:'''Spørgetime''': — dato og tidspunkt aftales med deltagerne, så det ikke kolliderer med andre eksamenstidspunkter

== Eksamen ==

=== Tirsdag 23/5 ===

:'''SOMMEREKSAMEN 2017:''' Gå til CampusNet → Opgaver → Sommereksamen 2017
:* NB: der åbnes først for adgang fra klokken 9:00 den 23/5 2017.

=== Tjekliste til computere ===

Se her om din computer har alt det software der skal bruges til eksamen: [[Tjekliste til computere 27611]]

=== Linksamling ===

Samlet oversigt over de websites vi har brugt i kurset: [[Linksamling for 27611]]

=== Spørgsmål og svar ===

Spørgsmål der er blevet stillet pr. email, og lærernes svar på dem: [[FAQ for 27611]]

27611: Kursusplan for forår 2017 - Revision history